samtools+bcftools 进行SNP calling |
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samtools+bcftools 进行SNP calling
两个软件的作用：1.samtools mpileup 主要是用于收集BAM文件中的信息，这个位点上有多少条read匹配，匹配read的碱基是什么，并将这些信息存储在BCF文件中。2.bcftools 是真正进行calling的软件。其也可以用来BCF和VCF格式的转换。 常见流程： #index REF $samtools faidx GCF.fa $bowtie2-build ./GCF.fa ./index/GCF #生成bam比对文件 $bowtie2 -x ./index/GCF reads.fastq -S ./1.sam $samtools view -sb 1.sam >1.bam #对bam文件排序 $samtools sort -n 1.bam>1.sorted.bam #mpileup收集bam信息 $samtools mpileup -gUf ./GCF.fa 1.sorted.bam -o 1.bcf #-g,输出格式为BCF；-U ，输出格式不压缩，利于下步分析；-f，faidx后的REF #bcftools call SNP $bcftools view -cvNg 1.bcf>1.vcf#-c,用贝叶斯推理进行calling；-v，只输出variant位点(force -c);-g 在variant位点，call per-sample genotypes(force -c);-N 跳过REF中不是A/T/C/G的点 #对vcf文件进行过滤 $vcfutils.pl varFilter -D100 > var.flt.vcf #-D 设置call SNP的最大reads depthsamtools+bcftools 进行SNP calling的更多相关文章 四种不同的SNP calling算法call低碱基覆盖度测序数据时，SNVs数量的比较（Comparing a few SNP calling algorithms using low-coverage sequencing data） 摘要:如果不设置任何过滤标准的话,SOAPsnp会call出更多的SNVs:AtlasSNP2算法比较严格,因此call出来的SNVs数量是最少的,GATK 和 SAMtools call出来的数量位 ... samtools常用命令详解samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集.包含有许多命令.以下 ... samtools常用命令详解（转）转自:samtools常用命令详解 samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和ba ... SAMTOOLS使用 SAM BAM文件处理[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS m ... NGS检测SNP1,Fastq数据质控 2,Fastq转化成bam,包含头文件 bwa aln ref.fa test_1.fq > test_1.sai bwa aln ref.fa test_2.fq &g ... samtools软件作用samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集,包含有许多命令.以 ... Variation calling and annotationResequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improv ... SNP 过滤（二）本文转载于https://www.jianshu.com/p/e6d5dd774c6e SNP位点过滤 SNP过滤有两种情况,一种是仅根据位点质量信息(测序深度,回帖质量等)对SNP进行粗过滤.如果使 ... 【GWAS文献】基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆相关基因Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improv ... 随机推荐 Servlet线程安全 Filter http://zwchen.iteye.com/blog/91088概述 在探讨java线程安全前,让我们先简要介绍一下Java语言. 任何语言,如C++,C#,Java,它们都有相通之处,特别是语法,但如果有人问你,Java语言的核心是什么?类库?关键字?语法?似乎 ... MDL原理理解转载自:http://blog.csdn.net/xiaoyu714543065/article/details/8445221 最小描述长度(MDL) 最小描述长度( MDL) 原理是 ... jquery 插件 起步代码/** * Created by W.J.Chang on 2014/6/25. */ ;(function($) { var methods= { check: function() { retur ... eclipse + pydev 创建django项目前提条件机器装好python,并装好django插件.(http://blog.csdn.net/lilongjiu/article/details/51405340) 1. 下载eclise Ver ... dos下查找进程，如果找到echo find并结束该进程@echo offset var=chromedriver.exetasklist | findstr "%var%" && echo findtaskkill / ... 【BZOJ2882】工艺 后缀自动机[BZOJ2882]工艺 Description 小敏和小燕是一对好朋友. 他们正在玩一种神奇的游戏,叫Minecraft. 他们现在要做一个由方块构成的长条工艺品.但是方块现在是乱的,而且由于机器的 ... 控制bin文件夹里面的dll不复制到临时目录中（ ）One of the things that makes developing ASP.NET applications very cool is that you can rapidly proto ... django-websocket 安装及配置1.安装 dwebsocket (venv) C:\code_object\websocketTest>pip install dwebsocket -i https://pypi.douban ... typeof的使用技巧typeof 对于基本类型,除了 null 都可以显示正确的类型 |
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